St. Thomas School fue una empresa de ensueño para un joven keralita establecido en una ciudad industrial de Bahadurgarh, en el norte de la India. Llevado por las limitaciones de trabajar bajo administración y dividido entre brindar oportunidades a los privilegiados en lugar de a los merecedores, el Sr. N. Thomaskutty, el hijo mayor de maestros orgullosos de su profesión, decidió iniciar una escuela basada en sus ideales cristianos. Aunque la decisión de iniciar STS parecía ser una reacción impulsiva, con el tiempo se demostró que era la voluntad de Dios en acción.
La escuela tuvo un comienzo muy humilde el 6 de abril de 1995 en la casa del Prof. D.B. Malik.